Jan van der Zee schilderde en aquarelleerde landschappen, portretten, stillevens en stadsgezichten. Hij maakte daarnaast grafische kunst in de vorm van lino- en houtsnedes. Hij heeft ook monumentaal werk uitgevoerd. Een bekend voorbeeld hiervan is de Naberpassage in de binnenstad van Groningen. Van der Zee behoorde tot de vroege Nederlandse constructivisten. Hij was lid van de Groninger Ploeg, en daarna van Het Narrenschip.
